「結局のトコロ」的な意味で使われる「とどのつまり」の「トド」ってなんだ？と疑問に思ったので調べてみたよ。

《ボラは成長するとともに名称が変わり、最後にトドという名になるところから》いきつくところ。結局。多く、思わしくない結果である場合に用いる。「―計画は中止になった」

引用元：http://dic.yahoo.co.jp/dsearch/0/0na/13382200/

出世魚 [編集]
また、ブリやクロダイ、スズキなどと同様に、大きくなるにつれて呼び名が変わる出世魚にもなっている。
関東-オボコ→イナッコ→スバシリ→イナ→ボラ→トド
関西-ハク→オボコ→スバシリ→イナ→ボラ→トド

引用元：http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%9C%E3%83%A9#.E5.87.BA.E4.B8.96.E9.AD.9A

出世魚であるボラの最終形態が「トド」であり、その「トド」が「最期＝詰まり」であることから、「とどのつまり」となったんだね。

新明解 語源辞典

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